Redan 1521 försökte den portugisiska sjömannen Ferdinand Magellan, som seglade under den spanska flaggan, att erövra Filippinerna. Han lämnade Spanien den 10 september 1519 och seglade västerut med fem fartyg. Efter 18 svåra månader nådde Magellan Filippinerna med sin halvt -utsvultna besättning.
Han mottogs varmt av olika stammar och fick mat. Han välkomnades också varmt på Cebu, och han vände sig till chefen Humabon där han till och med ingick blodbrödraskap. Humabon hade problem med Lapu-Lapu, en av hans vasaller. Magellan ville imponera på sin vän med spanjorernas stridskraft och bestämde sig för att segla till Mactan, ön utanför Cebu på vilken Lapu-Lapu styrde, för att bekämpa honom.
Där attackerades spanjorerna redan i det knädjupa vattnet, så att de knappast kunde röra sig eller försvara sig med sina tunga rustningar. De lättklädda filippinerna attackerade spanjorerna med spjut, bågar och pilar och med eldhärdade pinnar och besegrade dem med avgörande betydelse. Lapu-Lapu sägs ha dödat Magellan i denna strid med ett Kampilan, ett speciellt svärd för filippinerna. Sedan dess har Lapu-Lapu ansetts vara den första stormästaren i Arnis, som på den tiden kallades Pangamut.
Endast ett spanskt fartyg återvände till Spanien den 6 september 1522 och slutförde därmed en historisk resa för mänskligheten: världens första erkända världsomsegling. Tre ytterligare försök att erövra Fillipinerna misslyckades, med Roi Lope de Villalobos, som nådde Filippinerna 1543 och kallade skärgården “Filipina” för att hedra prins Philip, senare kung Philip II.
1559 skickade denna kung Filip II Miguel Lopez de Legazpi på en fem-skeppsexpedition till den filippinska skärgården, som han nådde den 21 november 1564. Genom att agera försiktigt och rättvist mot de infödda kunde Legazpi säkra sitt förtroende och konvertera dem till den katolska tron. Denna missionär gjorde det möjligt för Legazpi att gradvis föra centrala Filippinerna och norra öarna under hans inflytande och därmed under spanska styret.
Genom detta fördrev han muslimerna, som hade gjort Islam till huvudreligionen i södra Filippinerna i cirka 150 år, från deras sultanat “Maynila”, senare Manila. Södra Filippinerna, Mindanao, kunde emellertid inte Legazpi eller någon annan makt lägga under sitt styre fram till denna dag. Detta berodde bland annat på den religiösa fanatismen och färdigheten inom den filippinska kampsporten, med vars hjälp Moros (muslimer) terroriserade sina motståndare. I de områden som de kontrollerade, började spanjorerna träna filippinarnas kampsport, som ursprungligen endast utövades av kungar och prinsar, men som redan var utbredd vid tidpunkten för den spanska ockupationen. Men snart kände spanjorerna faran med kunskaper om Arnis, och därför började de göra Arnis impopulärt redan 1596 och förbjöd det helt 1764. Det officiella skälet var att filippinarna bara tränade och inte längre arbetade på sina fält. Man kan dock anta att det var för farligt för spanjorerna att ha en tränad svärdsman framför sig i varje filippinare.
Arnis tränades i hemlighet och teknikerna att slåss i dansrörelser (dansarna kallas “moro-moro”, “sayaw” eller “sinulog”) hölls dolda, så att filippinerna när de skulle dansa för spanjorerna på fiestor, kunde öva sin kampsport framför näsan på sina ockupanter utan att de visste något. Samtidigt som Arnis förbjöds, brändes filippinernas böcker, och spanjorerna försökte förstöra det filippinska alfabetet och kulturen. Filipinorna sydde sedan bokstäverna i deras alfabet som dekorationer på sina kostymer så att också dessa delar av den filippinska kulturen kunde överleva.
I slutet av 1800-talet uppstod motstånd mot den århundraden lång ockupationen av spanjorerna i filippinerna och en motståndsrörelse med deltagande av Dr. Jose Rizal och leds av Andres Bonifacio. Motståndsrörelsen syftade till befrielse från spanjorerna genom revolution och kallades “Ang Kataastaasan, Kagalanggalangang Katipunan ng Anak ng Bayan”, kort “Katipunan” eller “Triple K”. År 1896 hade Katipunan redan 100 000 till 200 000 medlemmar. Inte minst på grund av kunskapen om den filippinska kampkonsten kunde filippinerna orsaka tunga förluster för spanjorerna under revolutionen.
Sänkningen av det amerikanska krigsfartyget “Maine” baserat på Kuba 1898, som skylldes på spanjorerna och där 246 män dödades, ledde till det spansk-amerikanska kriget. Amerikanerna allierade sig med Katipunan och besegrade snabbt spanjorerna på Filippinerna. Eftersom amerikanerna hade lovat filippinernas oberoende förklarade de Filippinerna till en republik den 23 januari 1899. Amerikanerna ignorerade dock sin överenskommelse eftersom de i Parisfördraget den 10 december 1898 hade köpt Filipinerna av Spanjorerna för 20 000 000 dollar. Amerikanerna förklarade sitt styre över Filippinerna utan att erkänna deras oberoende.
Den filippinska upproret mot amerikanerna började den 4 februari 1899. Detta krig varade i fyra år eftersom amerikanerna underskattade filippinernas stridsmakt. Särskilt i Mindanao, där filippinerna alltid har gjort uppror mot utländska styrelser av andra makter, kände amerikanerna av filippinernas vilja att slåss.
En muslim som startade ett “juramentado”, rakade sin skalle och band ett rött pannband runt huvudet. Detta röda pannband var reserverat för människor som redan hade dödat flera (sju) motståndare. Sedan lindade han testiklarna med en våt bit läder. Torkningen och sammandragningen av skinnet orsakade så mycket smärta att han med sitt svärd dödade allt som stod i hans väg tills han själv dödades. Ett historiskt dokumenterat fall beskriver skjutningen av en filipin som rusade mot en amerikansk armékapten. Den senare sköt hela magasinet med sin .38 kaliber pistol in i Juramentadorn, men denne kollapsade först efter att han hade halshuggit kaptenen. Detta var anledningen till att den amerikanska armén utvecklade en pistol med mer stoppande effekt, kaliber 45-pistolen. Den amerikanska specialenheten “Leather Neck” fick sitt namn från ett läder som soldaterna i denna enhet band på sin hals på sina patruller genom den filippinska djungeln för att skydda dem från giftpilar och svärdattacker från filippinarna.
Efter fyra års krig besegrades de sista rebelliska filippinarna (med undantag för Moros), och livet återvände till det normala 1902. Det förändrades först igen när japanerna attackerade Filippinerna tio timmar efter Pearl Harbor, och nu kämpade filippinarna mot japanerna tillsammans med amerikanerna. I djungelstriderna var filippinarna särskilt viktiga där de stred med knivar och machetes, och de förorsakade stora japanska förluster där. Gerillapatrullerna rörde sig alltid i en triangel genom djungeln. Den bästa mannen gick längst fram och fick i uppdrag att avvärja en möjlig attack och uppehålla angriparen, medan de två bakre männen tog ut fienden.
Efter andra världskriget och den filippinska republikens självständighetsförklaring den 4 juli 1946 ville filippinarna glömma tiden före kriget, och Arnis överfördes därför inte längre eller bara vidare till nära familjemedlemmar. Från och med nu fanns det inget behov av att kunna Arnis för att överleva. Arnis blev en döende konst.
Det är tack vare vissa män som GM Ernesto Presas och andra stormästare som Arnis utövas och lärs igen, men nu med mindre fokus på gerillastrid och mer på idéerna om kampsport och självförsvar.